Centralni registar obavlja poslove depozitara investicionih fondova u skladu sa Zakonom o investicionim fondovima i na osnovu dozvole za obavljanje poslova depozitara investicionih fondova Komisije za hartije od vrijednosti Republike Srpske.

Ovi poslovi se u Centralnom registru obavljaju još od 2003. godine i prvih privatizacionih investicionih fondova.
Centralni registar obavlja poslove depozitara za zatvorene investicione fondove, kao i za otvorene investicione fondove nastale u postupku preoblikovanja (transformacije) zatvorenih investicionih fondova.
 
Centralni registar obavlja i poslove depozitara za fondove osnovane po posebnim zakonima. Uredbom o metodologiji za utvrđivanje vrijednosti imovine Akcijskog fonda Republike Srpske i Fonda za restituciju Republike Srpske predviđeno je da poslove depozitara koji podrazumijevaju utvrđivanje vrijednosti imovine i obaveza i izračunavanje neto vrijednosti imovine ovih fondova, obavlja Centralni registar.

Poslovi depozitara Penzijskog rezervnog fonda Republike Srpske ad Banja Luka obavljaju se u Centralnom registru od 2011. godine. S obzirom da je Penzijski rezervni fond Republike Srpske zatvoreni investicioni fond, koji je osnovan i posluje po posebnom zakonu, poslovi depozitara ovog fonda u Centralnom registru obavljaju se najvećim dijelom na način na koji se ovi poslovi obavljaju i za ostale zatvorene investicione fondove.